Heraclit se alătură filosofilor anteriori mai cu seamă datorită faptului că va vedea în foc principiul tuturor lucruilor, chiar dacă această teorie este doar un aspect al gândirii sale şi nicidecum cel mai important. Acest foc este ca o "flacără" care guvernează toate lucrurile, putând fi indentificat cu logos-ul sau legea raţională. Important în gândirea lui Heraclit este tocmai această teorie. Filosoful afirmă că deasupra impresiilor produse de către simţuri (văzul, auzul, gustul, mirosul, pipăitul), deasupra diferitelor opinii susţinute de către oameni şi deasupra miturilor narate de către poeţi, există un punct de vedere unic şi valid pentru toţi, adică universal sau comun, numit de el logos. Acest termen în limba greacă are diferite înţelesuri precum: cuvânt, discurs, limbaj dar şi gândire, discurs interior, raţiune adică cunoaştere raţională, superioară celei sensibile.
Logos-ul este, deci, ceea ce uneşte oamenii între ei, în sensul că le permite să considere lucrurile dintr-un punct de vedere comun, valid pentru toţi, şi în afară de asta le permite să comunice între ei. Heraclit observă însă că în general, oamenii nu îi dau o prea mare importanţă acestui logos, preferând să urmeze impresiile simţurilor, care dau naştere punctelor de vedere particulare şi diferite între ele.
Cei care urmează logos-ul sau raţiunea, sunt comparaţi de Heraclit cu oamneii trezi pentru care "lumea este văzută în acelaşi mod", adică privesc lucrurile în acelaşi fel, în timp ce toţi aceia ce urmează simţurile, opiniile şi credinţele iraţionale, sunt comparaţi cu cei adormiţi, pentru că în somn, adică în vis, fiecare trăieşte într-o lume a sa, particulară, diferită de cea a semenilor săi. Heraclit vorbeşte cu dispreţ despre aceştia din urmă, deoarece se lasă înşelaţi de aparenţă şi nu privesc lucrurile în profunzime. În aceaastă categorie sunt incluşi şi poeţii, precum Homer care "ar fi trebuit să fie alungat din locurile publice şi biciuit". Heraclit arată de asemenea dispreţ faţă de credinţele populare, afirmând că este absurd să crezi că poţi fi purificat de sângele animalelor sacrificate şi de rugăciunea în faţa imaginilor zeilor, ignorând pe adevăraţii zei.
În ce constă adevărata înţelepciune conţinută de logos? Filosoful din Efes susţine că această înţelepciune constă în a înţelege că lucrurile sunt guvernate de aceiaşi lege, numită de el tot logos dar care, de această dată, nu înseamă doar gândirea sau raţiunea ci structura realităţii şi deci lege divină.
Legea despre care vorbeam în paragraful anterior nu este altceva decât un soi de opoziţie universală sau de unitate a contrariilor. Orice lucru, în consecinţa lui Heraclit, este unit cu opusul său şi nu poate exista fără el. Un exemplu folosit de Heraclit spune că aşa cum în muzică armonia este reultatul unirii sunetelor discordante, tot astfel realitatea este o frumoasă armonie de lucruri opuse între ele. Unirea opusurilor, menţionate de el sunt "întregul şi ne-întregul", "acorudul şi dezacordul", "armonia şi dezarmonia", "unul şi totul". Pentru a explica această doctrină Heraclit se foloseşte de alt exemplu. El spune că boala face plăcută şi dorită sănătatea, aşa cum foamea face plăcută mâncarea şi săturarea, sau oboseala, odihna. Astfel conţinându-se reciproc contrariile dau unul altuia un sens specific, iar în armonie contrariile coincid "Drumul la deal şi drumul la vale este unicul şi acelaşi drum". "Unul este cel viu şi cel mort, cel treaz şi cel care doarme, tânărul şi bătrânul, pentru că omul schimbându-se devine ceea ce nu era". Totul este unul şi din unul derivă totul. Această armonie şi unitate a opusurilor este principiul, divinitatea. Divinitatea este ziuă şi noapte, iarnă şi vară, război şi pace, foame şi săturare, etc. În această perspectivă trebuie înţeleasă şi concluzia la care ajunge Heraclit. El afirmă " razboiul (polemos) este tatăl şi regele tuturor lucrurilor" şi că totul se întâmplă conform conflictului şi disputei. Nu trebuie să credem că Heraclit voia să justifice războiul prin această teorie. Înţelesul frazei rostite de el este acela că tensiunea dintre contrarii este cea care dă naştere realităţii.
Această opoziţie universală, fiind o lege a realităţii, determină lucrurile să se afle într-o continuă schimbare, într-o continuă devenire, trecând în mod constant de la o condiţie la alta. Filosofii Şcolii din Milet au observat că dinamismul universal al lucrurilor, care se nasc, cresc şi mor, aparţine lumii supusă acestui proces continuu. În afară de asta au văzut în acest dinamism o caracteristică esenţială a aceluiaşi principiu, care genera, conducea şi reabsorbea toate lucrurile. Heraclit reia această problemă şi o analizează mult mai profund "Totul se mişcă", "totul curge" (panta rhei), nimic nu rămâne imobil şi fix, totul se schimbă fără nici o excepţie. Heraclit exemplifică această idee prin celebra afirmaţie "nu te poţi scălda de două ori în acelaşi rău". A doua oară apa de mai înainte nu mai există, este deja departe, găseşti un alt rău, o altă apă.
Dincolo de această luptă şi de această curgere neîncetată esistă însă, aşa cum am văzut la început, un principiu de ordine şi de echilibru. Lupta, mişcarea nu sunt lăsate cu totul în voia lor. În gândirea lui Heraclit unul dintre elemente domină, şi anume focul. Nu este vorba despre focul pur material ca fenomen de combustie, ci de un foc care pentru el este în acelaşi timp logos-ul. Logos-ul face să domnească un fel de echilibru. El veghează ca, în lupta dintre contrarii, nici unul să nu biruie definitiv, pentru că în acest caz totul ar înceta să existe. Lupta e guvernată deci de o lege de echilibru care are ca efect întoarcerea periodică a lucrurilor la focul originar, adică la logos.
Sintetizând filosofia lui Heraclit din Efes:
Logosul este elementul comun oamenilor şi totodată principiul de ordine şi echilibru
realitatea este într-o continuă devenire, nimic nu este stabil, totul se schimbă
lupta dintre contrarii constitue cheia înţelegerii acestei transformări constante a lucrurilor
cunoaşterea adevărului presupune sustragerea de la opiniile comune bazate pe aparenţă